由于 Windows PE 被設計為盡可能輕巧、強大而且靈活，因此它具有以下局限性：

　　• 計算機必須有最低 256 MB 的 RAM。

　　• Windows PE 不適合在軟盤中提供，但您可將 Windows PE 映像寫入到可引導 CD 中。

　　• Windows PE 需要一個與“視頻電子標準協會”(VESA) 兼容的顯示設備，并將使用它能確定支持的最高屏幕分辨率。如果 Windows PE 不能檢測視頻設置，它將使用 640 × 480 像素的分辨率。

　　• Windows PE 僅對獨立 DFS 根目錄支持“分布式文件系統”(DFS) 名稱解析。

　　• 您不能從另一臺計算機訪問運行 Windows PE 的計算機上的文件或文件夾。換言之，Windows PE 不提供服務器功能。

　　• Windows PE 既支持 IPv4 又支持 IPv6，但它不支持其他協議，如網間分組交換/順序分組交換 (IPX/SPX) 協議。

　　• 會話間的驅動器符號分配是不固定的。重新啟動 Windows PE 后，將按默認順序分配驅動器符號。

　　• Windows PE 不支持 .NET Framework。

　　• 因為不支持 Windows on Windows (WOW)，所以在 32 位版本的 Windows PE 中不能運行 16 位應用程序，而在 64 位版本的 Windows PE 中不能運行 32 位應用程序。

　　• 為防止將 Windows PE 作為通用操作系統使用，在初始引導程序啟動 24 小時后，將自動重新啟動 Windows PE。

　　此外，Windows PE 僅有一個 Windows Vista Win32 應用程序編程接口 (API) 的子集，其中包括 I/O (磁盤和網絡）和核心 Win32 API。需要下述任意一個 Win32 API 的應用程序將不能在 Windows PE 中運行：訪問控制、NetShow Theater Administration、OpenGL、電源管理選項、打印和打印假脫機系統、靜止圖像、磁帶備份、終端服務、用戶配置文件、Windows 站和桌面、Windows 多媒體以及 Windows shell。